[7]​ En 1860 Muhammad pidió los persas ser los protectores de su reinado por las imposiciones del tratado británico.

[9]​ Muhammad dejó el país en 1868, primero para establecerse en Khor Hassan en Catar antes de instalarse definitivamente en Qatif.

[9]​ Además, debido a las extensas fracciones intrafamiliares, Gran Bretaña bloqueó las islas de Baréin y tomó a todos los miembros de Al Jalifa bajo custodia imponiendo condiciones que provocaron en el cambio del gobernante.

[11]​ Establecieron a Isa bin Ali Al Jalifa como el nuevo gobernante de Baréin.

[9]​ En 1888 Muhammad fue liberado de la prisión y marchó a La Meca donde vivió protegido por los otomanos hasta su muerte en 1890.