MrBayes es un programario informático especialmente diseñado para la inferencia bayesiana en filogenias que incluye todos los modelos de sustitución nucleotídica, aminoacidíca y codónica desarrollado para análisis de verosimilitud.
La inferencia bayesiana de filogenias se basa en la probabilidad a posteriori de la distribución de árboles, que es la probabilidad de un árbol condicionado por las observaciones.
El condicionamiento se logra a través del teorema de Bayes, sin embargo, en general los cálculos asociados a este teorema no pueden ser evaluado analíticamente de manera sencilla.
MrBayes utiliza una simulación, no sólo implementando el algoritmo estándar para análisis filogenético bayesiano de cadenas de Markov a través del método de Monte Carlo o MCMC (Markov chain Monte Carlo), si no también una variante más eficaz en la búsqueda de árboles filogenéticos, el algoritmo Metropoli-coupled Markov chain Monte Carlo.
Algunas propiedades de este programa son:[1]