Desde entonces el partido ira cayendo en una progresiva decadencia hasta el punto de desaparecer virtualmente.Entre 2003 y 2007 no tendrá representación, sufriendo además en 2006 un atentado de ETA en su sede.En 2007 vuelve a obtener un concejal, lo que le permite en 2008 poder formar listas al Senado por Asturias y Cantabria, por primera vez en veinte años.En 2011 revalida su concejal, que además entra en el gobierno de Santoña apoyando al PP.Posteriormente, el núcleo de Santoña abandonó el MFE, al imponerse en el partido una línea alejada del nacional sindicalismo tradicional.
