Durante un breve período de tiempo en 2007, abandonó el Partido Popular Danés, debido a acusaciones de neonazismo, ya que, según el tabloide BT, había elogiado a Adolf Hitler en Tívoli.
[3] En 2009 fue elegido para el Parlamento Europeo, ganando su escaño de forma aplastante en las elecciones de 2009 con 284.500 votos personales,[4] y en 2014 fue reelegido con 465.758 votos personales.
[6] En 2019, fue elegido miembro del Folketing con 7.554 votos personales, y en 2020 se convirtió en vicepresidente de su partido, en sustitución de Søren Espersen.
[7] En 2022 asumió como nuevo líder del Partido Popular Danés, sucediendo a Kristian Thulesen Dahl.
Messerschmidt fue condenado en 2002 por publicar material que intentaba vincular a las sociedades islámicas con la violación, la violencia y los matrimonios forzados.