Comprende 7 especies descritas y solo 6 aceptadas.

[1]​[2]​ El género fue descrito por Joseph Dalton Hooker y publicado en Nova Acta Phys.-Med.

[3]​ La especie tipo es: Moonia heterophylla Arn.

A continuación se brinda un listado de las especies del género Moonia aceptadas hasta junio de 2012, ordenadas alfabéticamente.

Para cada una se indica el nombre binomial seguido del autor, abreviado según las convenciones y usos.