Montaje de secuencias

Estos ensambladores de primera generación utilizaban varias estrategias para manejar las secuencias repetitivas y los errores de secuenciación, que podían confundir el ensamblado.Por ejemplo, los genomas tienen, a menudo, grandes cantidades de secuencias repetitivas, principalmente en las partes intergénicas.Puesto que las ESTs representan transcripciones génicas, no contienen estas repeticiones.Por otra parte, los genes se solapan a veces en el genoma (transcripción sentido-antisentido), y podrían ser todavía ensamblados idealmente de forma separada.El montaje de ESTs también es complicado por características tales como (cis-)splicing alternativo, trans-splicing, polimorfismos de nucleótido simple, recodificación, y modificaciones post-transcripcionales.