Este pequeño monasterio se continuaría en una fundación benedictina y a finales del siglo XII y amparado por el vecino monasterio de Montederramo, Junquera se unirá a la orden del cister.
Junquera, si bien presenta los rasgos de sencillez que caracterizan a la orden cisterciense, no responde exactamente al llamado “Plan Bernardino”.
Las huellas del románico tardío, ya casi gótico, se dejan ver tanto en la arquitectura como en la escultura de sus capiteles: respecto a la arquitectura, en el apunte de los arcos y en la bóveda ojival del presbítero; por lo que se refiere a la escultura, la sencillez y el esquematismo, característicos del cister, presiden capiteles, altar y pila bautismal.
Pero esta sencillez ornamental, en ocasiones, desaparece, devolviendo al espacio de los capiteles su función original, contar historias.
Las capillas de los ábsides medievales se cubren con retablos Modernos que resaltan los orígenes del cister con novedosos programas iconográficos en los que, junto con la preeminencia de María, se busca exaltar el monacato occidental.
El segundo grupo de retablos (siglo XVII) se sitúa en la mitad del templo.
Finalmente los retablos barrocos (siglo XVIII) que vestirán los ábsides menores buscando la exaltación del monacato occidental en sus dos actores principales: S. Benito de Nursia (redactor de la Regla que se impondrá, a partir del siglo XI, en los monasterios occidentales) y S. Bernardo, reformador y pilar del Cister.
El claustro de la Portería u Hospedería es una estructura que se erige ex novo pues, en el período medieval, las hospederías estaban fuera de los muros del monasterio y los cenobios solo contaban con el templo y el Claustro Reglar.