En enero de 1992, fue nombrado comandante del 13.° Cuerpo del JNA recién establecido en la región de Mostar, Bosnia y Herzegovina (BiH).

Fue acusado sobre la base de responsabilidad penal individual por ayudar e incitar en la planificación, preparación o ejecución de asesinatos, actos inhumanos, persecuciones por motivos políticos, raciales o religiosos, exterminio y ataques contra civiles.

También fue acusado, en su calidad de oficial superior, por no tomar las medidas necesarias y razonables para prevenir o castigar los crímenes cometidos por sus subordinados.

[3]​ Los jueces de La Haya dijeron que Perišić no había ordenado a las fuerzas serbias en Bosnia que usaran la ayuda militar enviada desde Belgrado para la comisión de delitos.

También dictaminaron que no había estado en condiciones de disciplinar a los soldados serbocroatas por bombardear la capital croata, Zagreb.