Luego del “Laudo Serrato” se conformó lo que se llamó “Consejo Provisorio” donde Misiones clasificó entre los primeros equipos participantes (de la Serie B) clasificándolo -en su regreso a la AUF- para jugar en Primera División en 1927, manteniéndose en la categoría de élite hasta la finalización del régimen amateur.

En 1942 se forma la Primera B (segunda categoría profesional) y tiene al Sportivo Miramar (futuro socio) como campeón, logrando el ascenso a Primera División, pero por su parte Misiones con solo 6 puntos, producto de una victoria, cuatro empates y nueve derrotas, desciende a la Divisional Intermedia.

En 1974, el viejo Misiones logra obtener el campeonato de la Primera C: el 23 de noviembre en el Parque Central, en la última fecha del Campeonato, goleó 5-0 a La Luz (equipo que finalizó segundo) y ascendió nuevamente a la B.

Finalmente, en 1977 el equipo nuevamente desciende a la “C” y los últimos años estuvo en una situación de declive constante.

Misiones inauguró su nuevo estadio, el “Luis Mendez Piana” en 1958 con un partido internacional frente al Guarany de Bagé brasileño, derrotándolo por 6 a 2.