Además, cundieron las enfermedades traídas por los europeos, especialmente el sarampión,[1] que provocó numerosas muertes entre los nativos.
Para 1782, San Francisco fue trasladada a otro sitio y la nueva iglesia sería erigida en 1791 con ayuda de los mismos nativos.
[1] Sin embargo, muchos aborígenes residentes escaparon por las rígidas normas de la misión, pero debido a que su trabajo era esencial fueron perseguidos y retornados por los militares.
[4] Después de la secularización del estado mexicano empezó su decadencia, y pasó a la jurisdicción civil en 1834.
San Francisco de Asís comprende tanto la vieja iglesia como la Basílica, erigida en 1918.