El organismo tiene como misión revertir la degradación ambiental y la reducción de riesgos socioambientales.
[3] Asimismo, es el encargado de realizar la política nacional del medio ambiente.
[4] Los antecedentes de protección al medio ambiente en El Salvador iniciaron en 1981 con la creación del Servicio de Parques Nacionales y Vida Silvestre como una unidad especializada de la Dirección General de Recursos Naturales del Ministerio de Agricultura y Ganadería.
Ese mismo año fue creada la Secretaría Ejecutiva del Medio Ambiente (SEMA), adscrita al Ministerio de Planificación y Coordinación del Desarrollo Económico y Social (MIPLAN).
Tres años después fue instituido el Servicio Nacional de Estudios Territoriales (SNET), como una entidad desconcentrada adscrita a este ministerio.