El Ministerio de Autonomías de Bolivia fue el ministerio que supervisaba la distribución de competencias entre los entes regionales, incluyendo departamentos, municipios, comunidades autónomas y gobiernos autónomos autóctonos en Tierras Comunitarias Nativas y Municipios Indígenas.

A través de su Viceministerio de Organización Territorial, también era responsable de delimitar las fronteras entre las unidades territoriales constituyentes de Bolivia.

El Ministerio fue constituido a través del Decreto Supremo 29894, emitido por el Presidente Evo Morales el 7 de febrero de 2009.