El MAPA ejerce sus actividades en los estados brasileños a través de las Superintendencias Federales de Agricultura (SFAs).

Fue solamente, en 1909, por el decreto n.º 7.501, vuelta a crear la sección de la agricultura, en un ministerio que incorporó las actividades conectadas a la industria y al comercio, siendo designado de "Ministerio de la Agricultura, Industria y Comercio".

En 1930, nueva alteración, con la creación del "Ministerio de la Agricultura".

En 1992, es nuevamente alterada la denominación para "Ministerio de la Agricultura, Abastecimiento y Reforma Agraria", y, en 1996, sufrió nueva alteración para "Ministerio de la Agricultura y del Abastecimiento".

Finalmente, en 2001, recibe la denominación actual: "Ministerio de la Agricultura, Ganadería y Abastecimiento".