Majstorovic comenzó su carrera como profesional en el Spartak Subotica (Serbia & Montengro) en la temporada 2000-01, permaneciendo en este equipo hasta el año 2003, consiguiendo el ascenso con el Spartak desde la Serbian B League hasta la YUBA League con unos números importantes: 8.2 puntos, 4.3 rebotes y 1.0 tapón.

En su siguiente año en la máxima categoría de su país mejoró notablemente sus números, llegando a promediar 9.9 puntos, 3.9 rebotes y 1.2 recuperaciones en 23.4 minutos en pista con BC Reflex en la Adriatic League, destacando sus 27 puntos y 10 rebotes frente al Buducnost.

[1]​ En la ULEB Cup también mejoró su aportación , llegando a ser uno de los hombres importantes del equipo con 11.3 puntos, 4.7 rebotes, 1.3 tapones y 0.9 recuperaciones en 22.3 minutos, destacando los 25 puntos y 7 rebotes contra el Dynamo Moscow.

[2]​ En 2010 el Assignia Manresa cerraba la incorporación del ala-pívot serbio Milan Majstorovic por una temporada, más otra opcional.

En 2011 el ala-pívot serbio regresó al equipo donde explotó como jugador, el EWE Baskets Oldenburg, club alemán que anunciaba su llegada oficial.