[4]​ Jugó su primera temporada como profesional con el Deportivo Táchira, donde tan solo disputó 3 partidos en la temporada 2012-13; para la temporada 2013-14 disputa 2 partidos siendo el jugador de la regla juvenil utilizado por el técnico Daniel Farías.f En junio de 2014, el Deportivo Lara se hace de los servicios de Mikel Villanueva para la temporada 2014/15; para el Torneo Apertura 2014, Mikel es relegado al banco de suplentes en un equipo con defensas como Chancellor, Rey y Pernía.

Con el Deportivo Lara jugó 20 partidos, 16 de ellos como titular, sumando 1453 minutos y marcando 4 goles, sin recibir amonestaciones.

[6]​ Villanueva jugó como central todo el encuentro, lo que le valió elogios de su técnico Juande Ramos.

Estuvo a préstamo en algunos equipos como Cádiz C. F., C. F. Reus Deportiu y Gimnàstic de Tarragona.

[3]​ El seleccionador Noel Sanvicente lo convocó por primera vez para un amistoso contra la selección de Costa Rica donde fue titular y su equipo ganó por 1-0 con anotación de Wilker Ángel.