Mikel Aranburu comenzó jugando al fútbol en las categorías inferiores del Club Deportivo Lagun Onak de su Azpeitia natal.Aranburu fue pieza codiciada por el Athletic desde el mismo inicio de su carrera, pero el jugador siempre se mantuvo fiel a los colores txuri-urdin.A los 18 años de edad Aranburu jugó los últimos 30 minutos del partido.El jugador recibió el número 11 que había dejado libre Luis Pérez, traspasado a Osasuna.Durante la temporada 2005/06 comenzó también siendo titular habitual y jugando todos los partidos, exceptuando uno que se perdió por sanción.Pino Zamorano, árbitro de aquel encuentro, ni siquiera sancionó la jugada como falta.[5] Al final de temporada la Real Sociedad descendió a Segunda División.En la vuelta a Primera División, Aranburu jugó 32 partidos y anotó 5 goles, logrando un doblete en la goleada por 0-4 en casa del Getafe CF, nada más salir al campo y en apenas 5 minutos.Aranburu abandonó Anoeta después de 14 años y 427 partidos con la camiseta blanquiazul.
Mikel Aranburu en la celebración del ascenso a Primera División en la temporada 2009-10. Aranburu fue el capitán del equipo del ascenso.
