Miguel Palencia llegó a las categorías del Real Madrid, cuando tenía 10 años.
Comenzó a darse a conocer en el Torneo Alevín de Fútbol 7 celebrado en la localidad madrileña de Brunete, en 1997, días antes, hubo una "pelea" entre los 2 capitanes del equipo por ser el capitán en los partidos del torneo, el entrenador, Raúl Rebollo, al ver dicha pelea, decidió darle la capitanía a un callado, educado y buen chaval, Miguel Palencia, y se proclamó campeón con el equipo alevín del Real Madrid, siendo además nombrado mejor jugador del campeonato.
En el año 2004 llegó al Castilla, y se hizo con la titularidad en el lateral derecho.
Dos semanas más tarde, volvió a jugar otro encuentro de Liga con el primer equipo, esta vez en el campo del Getafe, nuevamente con derrota.
En la siguiente temporada 2005/2006, debutó en Segunda división en el partido Xerez 2-1 Castilla, el 27 de agosto.