A medida que el niño crece, la pequeñez del cráneo se vuelve más obvia, aunque todo el cuerpo generalmente también presenta peso insuficiente y enanismo[cita requerida].

La hiperactividad y el retraso mental son comunes, aunque el grado de cada uno varía.

La capacidad motora puede verse afectada; las afecciones varían de torpeza en algunos casos a cuadriplejia espástica (parálisis).

[8]​ En general, la esperanza de vida para los individuos con microcefalia se reduce y el pronóstico para la función normal del cerebro es pobre.

[12]​ El volumen intracraneal, como es de esperar por su relación con el tamaño del cerebro, afecta también a esta patología.