Hasta hace poco tiempo la mayoría de las autoridades se referían a esta especie como Phalacrocorax melanoleucus.

Su epíteto específico se deriva del griego antiguo melano- «negro», y leukos «blanco».

Desde entonces, el trabajo molecular por Sibley y Ahlquist mostró que los pequeños cormoranes de varios colores y cola larga formaban un grupo que había divergido de otros cormoranes.

Esto también se encuentra en la subespecie brevirostris, pero en esta forma el morfo melanistico es mucho más común.

[6]​ La forma de varios colores es negro brillante por encima con la cara, las partes inferiores y los muslos blancos.