Johnson se formó como futbolista en las categorías infantiles del Everton FC.
[1] Hincha del Leeds United en su infancia,[1] Johnson entró en el equipo reserva (nombre por el que denominan en las islas británicas a los equipos filiales de los clubes) del Manchester City en 2004.
Desde entonces el joven futbolista recibió numerosas ofertas, entre ellas dos de los equipos de Liverpool, el Everton (dónde ya estuvo al jugar en etapa infantil)[2] [3] y el Liverpool FC.
Finalmente y pese a las ofertas, Michael renovó su contrato con el City hasta 2013.
[6] En enero de 2013, el jugador llega a un acuerdo con el Manchester City para romper el contrato que les unía.