Poco después de salir del coro-escolanía, lo nombraron maestro de capilla en Grosswardein, y en 1762, en Salzburgo, donde hará amistad con Leopold Mozart y más adelante con el hijo de este Wolfgang Amadeus Mozart.

Era amigo íntimo de Mozart, que tenía en alta opinión su obra, y fue profesor de Carl Maria von Weber y Anton Diabelli.

También fue un prolífico compositor de música profana, incluyendo cuarenta sinfonías, varios conciertos y música de cámara, como un Quinteto de cuerdas en Do mayor que alguna vez se atribuyó a su hermano Joseph.

Ahora se considera que Mozart había compuesto un nuevo movimiento lento para el inicio de la sinfonía por razones aún desconocidas, pero se sabe que el resto de la obra es de Michael Haydn.

La obra, que fue ampliamente ejecutada como sinfonía de Mozart, se ha tocado considerablemente menos desde este descubrimiento en 1907.