[2]​ La construcción de la mezquita probablemente comenzó en 1185 y finalizó cinco años más tarde, en el apogeo del Imperio almohade.

Fue mandada construir por el califa almohade Abu Yúsuf Yaacub al-Mansur como parte de su recién creada qasba (ciudadela) que serviría como residencia real del califa almohade, creando un precedente para los gobernantes del mundo islámico que construyeron ciudades-palacio o distritos reales separados.

Los gobernantes benimerines comenzaron a enterrarse en un cementerio al sur de la mezquita, y más tarde en cementerio real de la dinastía saadí, lo que se acabaría convirtiendo en las Tumbas saadíes.

[3]​ A finales del siglo XVI la mezquita fue gravemente dañada por una enorme explosión en una tienda de pólvora, haciendo que el sultán saadí Abdallah al-Ghalib (r. 1557-1574) emprendiera restauraciones.

[2]​ La mezquita, al igual que otras almohades y medievales a principios del islam, no está correctamente orientada hacia la quibla, lo que indica el punto hacia la ciudad de La Meca.