Se sitúa en la calle Gospodar Jevremova, en el distrito de Dorćol, siendo construida durante la dominación otomana en torno a 1575, y es la única sobre 273 que llegaron a existir en la ciudad, que ha llegado hasta hoy.

Fue iglesia católica durante la breve dominación austriaca entre 1717 y 1739, aunque retomó su función como mezquita tras volver Belgrado a manos turcas ese año.

Durante el gobierno austríaco, 1717-1739, sirvió como catedral católica pero con la vuelta de los turcos en 1741 se le devolvió su función original.

El primer imán y el muecín de la mezquita Bajrakli fueron designados aquel mismo año.

Frente a la entrada, en el interior de la mezquita, se encuentra el lugar más sagrado – el mihrab, una hornacina poco profunda con decoración lujosa en la bóveda, orientada hacia la ciudad sagrada de La Meca en dirección sureste, mientras el elevado púlpito de madera (minbar o mimbar) está situado a la derecha del mihrab, en el rincón suroeste.

Sobre la entrada está situada una galería de madera (mahfil) desde la que también se llega al balcón del alminar.

En el patio se encuentra la fuente de ablución y la inacabada escuela religiosa (madraza) con la biblioteca.