[1] Al final del torneo el club únicamente consiguió un punto, logrado en la jornada 10, esto tras empatar a un gol con Coras Fútbol Club;[4] terminando así el torneo en el último lugar tanto de su grupo como de la tabla general.[5] Junto a Arias, llegó Enrique López Zarza como nuevo entrenador del equipo.[10][11]Durante la etapa de Naya el equipo estuvo envuelto en múltiples altibajos, alternando entre buenas y malas actuaciones.[2] A pesar de esto, lograron reponerse momentáneamente las siguientes tres jornadas, consiguiendo dos victorias seguidas y un empate.[14]Durante el mismo mes, la Liga Premier anunció que se regresaría al antiguo formato de torneos cortos, así como dividir los grupos en tres.[18] El Apertura 2024 para Mexicali Fútbol Club se caracterizó por un rendimiento muy por debajo de las expectativas, terminando en el último lugar del Grupo 1.Este mal desempeño sitúa al Apertura 2024 como la segunda peor temporada en la historia del club, marcando un retroceso significativo en su evolución competitiva.El escudo del Mexicali Fútbol Club presenta un diseño circular, con un fondo negro y detalles en dorado.En la parte superior, en el borde exterior del círculo, se lee "MEXICALI FUTBOL CLUB" en mayúsculas y color negro sobre un fondo dorado.En el centro del logo, sobre el fondo negro, destaca una figura abstracta en dorado que recuerda a la cabeza y el cuello de un dragón estilizado.
