La empresa fue fundada en 1890 por Jakob Metzler en Jenaz en el Cantón de los Grisones y se trasladó a Felsberg alrededor de 1900.
En 1924, la empresa pasó a la segunda generación bajo la dirección de Oskar y Albert Metzler y se transformó inicialmente en J. Metzler & Sons y rebautizado como `` Metzler & Cie .
Después de que se abriera una sucursal en Dietikon en 1931, la sede de la empresa se trasladó allí en 1933 y el edificio actual de la empresa se trasladó posteriormente.
Contrariamente a la tendencia hacia los mecanismos de acción electroneumáticos y posteriores eléctricos, Metzler volvió a confiar en el mecanismo de acción mecánico conservador, probado y duradero desde 1937.
Desde 2006, Metzler Orgelbau AG pertenece en su totalidad a Hansueli Metzler y sus dos hijos, Andreas y Mathias, que son la cuarta generación en dirigir la empresa familiar.