Los jugadores juegan como Solid Snake usando el teclado numérico del teléfono.
Ocelot escapó con toda la información técnica de Metal Gear REX y la vendió en el mercado negro.
No tarda mucho hasta que Otacon recibe su primera noticia del desarrollo de un nuevo Metal Gear.
Al llegar a la instalación se hace evidente que los planes de los militares para el nuevo Metal Gear REX no son agresivos.
El códec hace llamadas extrañas que no vienen sólo de Otacon, sino también del comandante, al romper la cuarta pared, le sugiere al jugador apagar su teléfono móvil.
Una voz sin nombre luego dice que ya tienen la segunda prueba preparada.
El juego se puede también conectar con Metal Gear: Ghost Babel's Secret Misión mode, que muestra como Jack sigue un riguroso entrenamiento de simulación VR de las principales misiones del juego por un misterioso individuo a que se refiere como "N º 4", en un guiño a Raiden en su próximo papel en Sons of Liberty.