Merab Ninidze creció en Tiflis, Georgia, donde estudió actuación de 1982 a 1984.
Realizó su debut en cines con la película Die Reue, de 1984, dirigida por Tengis Abuladze, que recibió el premio especial del Jurado en el Festival de Cannes dos años después.
En Georgia, apareció en más de 20 películas, entre ellas la tragicomedia Luna Papa, de Bakhtiar Khudojnazarov, Luna Papa.
También protagonizó filmes como England!, In Heaven, de Michael Bindlechner; Jugofilm, de Goran Rebic; The Rabbit Hunt, de Andreas Gruber, e Ikarus.
En 2001 actuó para Jo Baier en la cinta Verlorenes Land, y acompañó en Bella Block a Juliane Köhler, su coprotagonista en la película En algún lugar de África, ganadora del Óscar a la mejor película extranjera en el 2002.