El templo recibe su nombre de los poetas Nayanar de la época, quienes sin embargo lo ubican a la orilla del mar, mientras que hoy se encuentra claramente en el interior y sus características arquitectónicas no datan del siglo XVI.Se cree que el templo original fue destruido por los portugueses u otras causas y reconstruido más al interior.Los primeros indicios de la existencia de un pueblo en Meliapor se remontan al menos al siglo I a. C. La tradición cristiana cuenta que el apóstol Tomás recibió una bienvenida del gobernante de Meliapor y luego fue asesinado en una colina cercana, donde hoy se encuentra una basílica construida por los portugueses en 1523 y reconstruida en estilo neogótico en 1896.Se cree tradicionalmente que Tomás navegó a Muziris en la actual Kerala en el año 52.La tradición dice que Tomás fue asesinado en 72 CE en Meliapor y su cuerpo fue enterrado aquí.
