Un virus robótico conocido como Roboenza comienza a infectar robots, haciendo que funcionen mal, y Roll es una de las víctimas.

[2]​[3]​ Mientras tanto, Bass se pone en camino por su cuenta para desafiar a estos nuevos robots.

Algo similar le sucede a Bass, siendo en este caso Treble el que le proporciona la cura, tras haber robado una muestra a Wily antes de que se fuera.

Sorprendentemente, quizás por sentirse en deuda por haber salvado su vida, Wily deja suficiente medicina para curar a los robots infectados.

De modo similar a una característica ofrecida en Mega Man Powered Up, esta opción altera niveles, por ejemplo colocando plataformas encima de los fosos con pinchos, reduciendo la Inteligencia artificial o disminuyendo el daño que Mega Man recibe, así como añadiendo power-ups en ciertas partes de cada nivel que restauran la salud.