Funda su propia explotación agraria en Escuintla en Chiapas en México en 1922.

En 1932, funda y dirige el Instituto Botánico Matuda en Escuintla.

Matuda obtiene un doctorado honorario en ciencias en la Universidad de Tokio en 1960.

Fue recolector de especímenes vegetales para herbarios en México, China, y Belice.

Actualmente, hay dos herbarios dedicados en su memoria, el primero se encuentra en la Universidad del Estado de México "Herbario Eizi Matuda" (con acrónimo CODAGEM).