De madre judía[1]​[2]​ , nació en Houston, Texas, pero fue criado en un suburbio de Littleton, Colorado en Denver, formado en el instituto Heritage High School.

En 1997, el canal de televisión estadounidense Comedy Central debutó South Park, creada por él y Trey Parker.

Ganador de cuatro premios Emmy, en South Park es la inspiración para el personaje Kyle Broflovski, desde la apariencia del personaje hasta en sus padres.

Stone comentó a IGN: "Yo no soy un buen director, ya lo sé.

Weinman comparado la relación Parker y Stone a la de Larry David y Jerry Seinfeld, y sugirió que Parker no sería capaz de salir a decir cosas ofensivas sin Stone.