Sus fósiles se han encontrado en rocas del Cretácico superior del Santoniense-Campaniense, en el sudeste de Francia.
Los estudios de estos fósiles fueron publicados en 1869 por Matheron, a los que denominó Crocodylus affuvelensis, incluyéndolo así entre los crocodílidos modernos.
El nuevo nombre del género le fue dado en 2008 por Jeremy Martin y Eric Buffetaut, y significa "cocodrilo de Marsella" en griego.
Massaliasuchus parece haber estado relacionado con los aligatoroideos tempranos.
Se conocen varios restos incluyendo los huesos del cráneo.