Después de jugar en dos clubes y con el Sharjah F. C. en los Emiratos Árabes Unidos, dio el salto al fútbol europeo fichando por el Club Atlético Osasuna, con el que disputó más de cien partidos oficiales.

Masoud Shojaei comenzó su carrera profesional en 2002 en el Sanat Naft Abadan F. C., club recién ascendido a la Iran Pro League, máxima categoría del fútbol iraní desde el año anterior.

Saltó al terreno de juego en el minuto 59 sustituyendo a Kike Sola.

Durante sus dos primeras temporadas en el club navarro era habitual verle entre los sustituidos del partido o salir desde el banquillo.

[7]​ El jugador fue intervenido el 5 de abril, y nuevamente ocho semanas después por una infección postoperatoria.