La Universidad Masaryk (en checo Masarykova univerzita, en latín Universitas Masarykiana Brunensis) tiene su sede en Brno, República Checa, y consta de diez facultades.
Fue fundada el 28 de enero de 1919 a petición del presidente Tomáš Garrigue Masaryk, que consideraba indispensable la organización de la enseñanza superior para la recién creada Checoslovaquia.
Nació como hermana menor y al mismo tiempo «rival» de la Universidad Carolina de Praga, hasta entonces la única universidad checa.
Es propietaria y administra la Base Johann Gregor Mendel en la península Antártica.
Historia de la Universidad Masaryk (enlace roto disponible en Internet Archive; véase el historial, la primera versión y la última).