Su historia trata sobre las novelas gráficas Secret Wars y Civil War, publicadas por Marvel Comics.

Un tráiler lanzado en E3 muestra una operación militar originaria de Latveria, hogar del maestro villano el Doctor Doom.

[3]​ El juego sigue la línea argumental de la Guerra Civil: una lucha entre héroes y villanos causa una explosión en Stamford, Connecticut, matando a 612 civiles (entre ellos varios niños en edad escolar).

Pájaro Cantor está bloqueada en el lado Pro-Registro para las versiones de PS3 y 360, con Ms.

[1]​ Tanguay afirmó que la historia se centra en las consecuencias de la Guerra Civil.

El coronel Nick Fury está liderando un equipo compuesto por el Capitán América, Iron Man, Spider-Man, y Wolverine, además de varios otros superhéroes, en un ataque no autorizado sobre el Castillo Doom en Latveria después de descubrir que la primera ministra electa Lucia von Bardas estaba suministrando armas al Chapucero que a su vez las proporciona a súper villanos.

Marvel es reportada como desaparecida después de haber sido enviada a recuperar inteligencia sobre actividad delictiva sospechosa.

También descubren que el ejército latveriano planea destruir una gran parte de América, dirigidos por una Von Bardas cyborg.

Tres días más tarde, durante una transmisión de Los Nuevos Guerreros, Nitro crea una gran explosión, matando a más de 600 civiles en el proceso, y provocando la inmediata implementación del ARS.

El Capitán América, que se opone a la ley, pasa a la clandestinidad, junto con varios otros superhéroes y agentes de S.H.I.E.L.D., formando un grupo llamado "La Estrella Blanca".

En este punto, la historia se ramifica en dos segmentos; Anti-Registro y Pro-Registro, dependiendo de la elección del jugador.

Para ayudarlos, el grupo Pro-Registro desarrolla tecnología de nanocitos para utilizar como control mental sobre los súper villanos, aumentando sus filas.

Él logra obtener la ayuda del Chapucero para descubrir la causa de la falla.

En la culminación de su misión, el equipo se enfrenta al Chapucero, que estaba detrás del Redil todo el tiempo, y luego a un Nick Fury controlado por nanocitos mejorado con nanocitos adicionales.

Además, cada personaje en la PS3 y Xbox 360 tiene un traje alternativo que puede ser desbloqueado durante el transcurso del juego.

Otros jugables son desbloqueados al derrotarlos, como Deadpool, Duende Verde y Venom.

Le permite al jugador seleccionar un grupo determinado de cuatro personajes.

El juego en línea para Wii no se ha desarrollado debido a las limitaciones de tiempo.

Estos desarrolladores también crearon un blog, con las mismas funciones del de Vicarious Visions.