Gracias al trabajo que empezaron a desarrollar entre 1970 y 1976, se sentaron las bases de los programas informáticos que se utilizan para comprender determinados procesos químicos.
A su vez, la posibilidad de plantear un proceso químico y comprobar rápidamente los diferentes resultados permite resolver hipótesis y hacer predicciones fácilmente.
Otra aplicación sería, por ejemplo, utilizar la informática para conocer las distintas maneras en las que puede crecer una célula solar y cuál de los organismos resultantes sería el más eficiente captando luz, lo que podría usarse para generar electricidad.
[4] Karplus contribuyó en la aplicación de cálculos dinámicos clásicos para las reacciones químicas en fase gaseosa y la llamada Ecuación Karplus, que sirve para realizar análisis conformacionales de moléculas orgánicas.
[5] Igualmente, Karplus creó el grupo CHARMM (Chemistry at Harvard Macromolecular Mechanics ) para realizar y analizar simulaciones de dinámica molecular.