El primer duque tuvo un hijo bastardo llamado Juan (1457-1528), que fue reconocido como nieto por el rey Juan II para agradecer a su madre, María Junquers, el gobierno y defensa de la Ribagorza en ausencia del conde.

El duque, viudo, se casó con María Pérez de Pomar en 1566, con quien tendría una hija, Juliana.

En el condado de Ribagorza, Martín se enfrentó a una situación delicada que podía enturbiar sus relaciones con la Corte.

[f]​ La decisión del tribunal se retrasaba y la provisionalidad agravó el desgobierno, que contaba con la aquiescencia real.

Escapó a Italia, fue apresado y ajusticiado en público en 1573 en Torrejón de Velasco.

Su tío, el cardenal Pedro Gómez Sarmiento, le enseñó a amar la antigüedad clásica.

Fue buen amigo del ya mencionado cardenal Granvela, con el que se encontraría, además de en la Corte durante sus primeros años, en Flandes y en Aragón.

También mantuvo relación con otros eclesiásticos humanistas como Diego de Arnedo y Pedro Cerbuna.

Además, poseyó obras creídas de Miguel Ángel, El Bosco o Brueghel, entre otros.

[12]​ Martín de Gurrea tuvo además dos hijas fuera del matrimonio, María y Gabriela.