Markarfljót es un río situado en el sur de Islandia.
Nace en el Macizo Rauðafossafjöll, al este del Hekla.
Fluye a través de estrechos desfiladeros en la región montañosa entre Tindfjallajökull y Torfajökull hasta que llega a la llanura de Sandurebene, al sur, cerca de la Þórsmörk.
Antiguamente discurría al este de Eyjafjallajökull, aunque actualmente corre en dirección oeste y desemboca en el Þverá.
El río es conocido por sus gargantas Markarfljótsgljúfur y también porque atraviesa la región Þórsmörk, un hermoso valle idóneo para practicar el senderismo, incluyendo el famoso sendero de Laugavegur.