En 1965 pasó a denominarse Club Mariscal Santa Cruz en honor del mariscal Andrés de Santa Cruz, antiguo presidente de Perú y Bolivia, cuando el club fue vendido a las Fuerzas Armadas de Bolivia debido a problemas económicos.
El equipo alternó campañas en la Copa Simón Bolívar, que era la máxima categoría del fútbol de Bolivia, con otras en la Segunda División.
A lo largo de su historia, el club ha visto como su denominación variaba por diversas circunstancias hasta la de Club Mariscal Santa Cruz, vigente desde 1965.
El club se fundó bajo el nombre oficial de «Northern Football Club», pero su nombre ha sido modificado por un motivo u otro.
A continuación se listan las distintas denominaciones de las que ha dispuesto el club a lo largo de su historia: El Club Mariscal Santa Cruz ostenta el récord de ser el único club boliviano en haber ganado una competición oficial internacional: la Recopa Sudamericana de Clubes.