Eggimann empezó su carrera como futbolista profesional en el F. C. Aarau.
Jugó 4 temporadas en las que disputó 41 partidos de liga.
En 2002 probó suerte en Alemania, concretamente en el Karlsruher SC.
Fichó por el Unión Berlín para disputar la temporada 2013-14.
Abandóno el club al término de la temporada 2014-15 y en octubre de 2015 anunció su retirada.