Debutó en 1996 con UNAM y se retiró en el 2013 con Jaguares de Chiapas.

Debutó en la Primera División de México el 25 de octubre de 1996, enfrentando a Toluca en el Estadio Olímpico Universitario, en partido correspondiente a la Jornada 12 del Invierno 1996; los Pumas perdieron 0-3 ante los Diablos Rojos.

Para el Verano 2001, fue cedido a préstamo al Club Santos Laguna.

De cara al Apertura 2003, fue transferido a Morelia, donde jugaría hasta el Clausura 2007; en el torneo Superliga realizado en Estados Unidos, sería fichado por el Skoda Xanthi FC, aparentemente con un contrato por dos años,[1]​ pero por motivos personales no jugaría con el equipo griego.

Finalmente el 3 de julio, el "Profe" Cruz dio a conocer que Trujillo sería registrado como jugador.