Se dice que antes había una iglesia de madera en este lugar en el siglo IX, que servía como lugar de culto para pescadores y navegantes.
La iglesia se menciona por primera vez en documentos de 1158.
El presente edificio fue construido entre 1394 y 1414 en estilo gótico y en 1409 la iglesia pasó a formar parte de la diócesis de Passau.
La iglesia se asocia con la comunidad checa de Viena.
Se la puede distinguir a gran distancia y aparece representada en las imágenes más viejas de la ciudad.