Para asegurar sus colecciones durante la guerra transfirieron las obras más preciosas a Dresde.

A pesar de todo, ciertas piezas del museo fueron confiscadas por las tropas rusas cuando entraron en la Polonia austriaca.

Los guardó en el sótano de la casa en Kredytowa, pero los alemanes se dieron cuenta y los robaron.

Los objetos robados fueron transferidos al Museo Nacional de Varsovia, desde donde fueron llevados a Alemania.

Mantuvo la propiedad del Museo y Biblioteca Czartoryski en Cracovia, pero el estado se hizo cargo de ellos, nombró a su primo, el príncipe Vladimir Czartoryski, como tutor en representación del dueño, que entonces era el hijo de Agustín, Adam Karol, que vivía en España.