Jugaba de defensa y su último equipo fue el FC Viktoria Plzeň de la Gambrinus Liga de la República Checa.

[2]​ En 2011 fue contratado por el club checo FC Viktoria Plzeň.

No pudo jugar el campeonato 2014-2015 (en el que su equipo salió campeón) debido a que se le diagnosticó esclerosis lateral amiotrófica (ELA), una enfermedad mortal.

El entrenador Miroslav Koubek dijo que si fuera posible él cambiaría el título por la salud de Čišovský, quien atendió a las celebraciones mientras los miles de espectadores coreaban su nombre.

Marián Čišovský murió el 28 de junio de 2020 a los 40 años de edad por esclerosis lateral amiotrófica, enfermedad incurable que padecía desde 2014.