Ha permanecido en el Congreso de los Diputados durante 12 años, siendo reelegida en otras dos ocasiones.
En las elecciones generales de 2008 Uria se presentó como candidata al Senado por Vizcaya.
Iñaki Anasagasti dejó a Uría sin escaño al obtener unos pocos miles de votos más.
[1] El PNV propuso a Margarita Uria como candidata de su confianza al puesto de vocal del Consejo General del Poder Judicial (CGPJ), órgano que llevaba dos años sin renovarse por desacuerdo entre los partidos políticos mayoritarios.
Finalmente el PNV logró que Uria fuese incluida en la lista de consenso que acordaron los partidos mayoritarios para renovar el CGPJ y así en septiembre de 2008 fue nombrada vocal del máximo órgano del poder judicial.