Tuvo una posición influyente en la corte de la emperatriz y la correspondencia que mantuvo con su marido, Adam von Dietrichstein, y con su hija, Anna von Dietrichstein, nos ha proporcionado una valiosa documentación sobre la política interna de esta casa real y sobre sus miembros.
Allí se casó con el diplomático y oficial de la corte alemana Adam von Dietrichstein, en 1554.
Margarida de Cardona y Adam von Dietrichstein, junto con María de Lara y Wratislav von Pernstein, pertenecían al círculo íntimo de cortesanos estrictamente católicos preferido por María en Austria.
En 1563, Margarida se marchó a la península ibérica con su marido, que había sido nombrado tutor de los hijos de María de Austria, Rudolf y Ernst.
Margarida de Cardona acompañó a María a la península ibérica cuando la emperatriz quedó viuda y se retiró a morir.