Fue catedrático de la Universidad Rafael Landívar y de la Universidad San Carlos en Guatemala y, mientras se encontraba exiliado en México por las dictaduras militares que azotaban su país, obtuvo una beca del Sistema Nacional de Creadores del Fondo Nacional para la Cultura y las Artes de México.

[2]​ El apodo de “Bolo” estaba relacionada con su afición al alcohol, aunque prefería relacionarlo con su torpeza para jugar al fútbol.

Entre sus novelas destaca Los compañeros (1976) y En el filo (1993) (ambas relacionadas con sus vivencias en la militancia en entidades revolucionarias en su país), Los muchachos de antes (1996), Las batallas perdidas (1999), La siguamonta (1993) y Cuentos completos (1999).

[3]​ Su última novela Viaje hacia la noche es un intento de hacer una autobiografía donde narra los capítulos más importantes de su vida con ironía y autocrítica.

Flores consiguió Premio Nacional de Literatura Miguel Ángel Asturias de 2006 en Guatemala.