Comenzó su carrera jugando en el Defensor Sporting y en Peñarol entre los años (1994-2001).

En el verano de 2001 fue fichado por el Málaga CF, equipo donde coincidió con su compatriota Darío Silva.

Marcelo Romero jugó dos partidos en la Copa Mundial de Fútbol 2002.

También participó con Uruguay en la fase de clasificación para la Copa Mundial de Fútbol 2006, para la que finalmente Uruguay no se clasificó.

[2]​ En verano de 2014 se anunció su fichaje como segundo entrenador y adjunto de Javi Gracia en el Málaga CF, cargo que ostentaría durante las temporadas 2014-2015 y 2015-2016.