Sin embargo, su vida cambió drásticamente cuando la reina Isabel descubrió la existencia de María a través de una copla cantada por Toda en una plaza pública, que aludía a su romance con el rey.
Como resultado, madre e hija fueron secuestradas y llevadas al monasterio de Madrigal.
A pesar de haber sido criada en secreto, tras la muerte de la reina Isabel, el rey Fernando reconoció a María y estableció contacto con ella.
María mantuvo una relación cercana con su sobrino, quien la estimaba y se preocupaba por su bienestar.
Carlos V se comunicaba con regularidad con María y su hermana homónima, pidiéndoles que rezaran por él y asegurándose de que recibieran el dinero que Fernando les había asignado.