Los Boston Red Sox firmaron a Margot como agente libre internacional de la "Dominican Prospect League" en julio del año 2011.
Al colocar una línea ofensiva de .285/.382/.423 con 38 bases robadas en justo 68 juegos, obteniendo un sitio en el "DSL All-Star team".
Considerado como un bateador paciente recibió más transferencias que ponches en la DSL (36-a-25 en 260 turnos al bate).
[1] Margot ascendió dos niveles hasta los "Lowell Spinners" en 2013 y jugó como la regular más joven en la "Short-Season A" con los New York–Penn League.
[1] Margot jugó para el "Low A Greenville Drive" de la South Atlantic League en 2014.
Como tal, subió del N.º 11 al N.º 4 en la lista de MLB.com en los "Top 20 Boston Red Sox Prospects".
[7] Margot comenzó la temporada 2016 con Triple-A El Paso Chihuahuas, donde jugó en 124 juegos, incluidas 117 aperturas en el jardín central.
[17] Margot todavía jugó 151 juegos en la temporada, el máximo de su carrera, a menudo entrando como bateadora emergente o reemplazo defensivo.
En defensa, Margot lideró a los Padres con 11 outs por encima del promedio, ocupando el cuarto lugar en la Liga Nacional.
[19] Antes de ser canjeado a los Rays, Margot solo había jugado 8 entradas fuera del jardín central.
Sin embargo, la destreza defensiva de Kevin Kiermaier hizo que Margot jugara más entradas en el jardín izquierdo y derecho.